负责全市地表水和海洋生态环境监管工作。拟订和组织实施水功能区划及重点流域、饮用水水源地生态环境规划，负责流域水环境保护工作，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，组织实施跨市水体断面水质考核制度。指导协调水环境综合整治，协调解决重大水环境污染问题。负责入河排污口设置的行政审批、监督管理工作。负责海洋生态环境调查评价。监督陆源污染物排海，负责防治海岸和海洋工程实时竞猜、海洋油气勘探开发和废弃物海洋倾倒对海洋污染损害的生态环境保护工作。按权限审批海岸和海洋工程实时竞猜环境影响评价工作。负责入海排污口设置的行政审批、监督管理工作。

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